五一支隊：民國四十二年，巡艇總隊與原駐守烏坵島第一支隊黃玉樹部整合編成五一支隊，番號全稱為「福建反共救國軍閩北地區第五十一支隊」，駐守東、西莒兩島。支隊長黃玉樹、副支隊長周可寄、政治處主任郭清標。民國四十二年十月，五十一支隊番號改為四十六支隊，黃玉樹仍任支隊長，周可寄副支隊長。另有一特務中隊，其中一支隊部駐守東莒島，中隊長林功庸。
四六支隊：因船艇業務繁多，另設軍需、補給官，並設軍械庫一座，位於西莒本部司令部舊址後面山腰獨立石屋，內儲藏槍砲械彈，由兵工官李餘慶負責武器彈藥頒發、保養，及後送修理等。
四十六支隊所轄艇隊，第一艇隊：艇隊長張綬葆、指導員陳元揚。第二艇隊：艇隊長莊德、副艇隊長陳勝棖，指導員蔣杰。
民國四十二年六月，第四十六支突擊大隊換防。
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